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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
23/11/2018 |
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Data da última atualização: |
29/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, SIRE. |
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Título: |
A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype p... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; De novo Assembly; Montagem de sequência de DNA. |
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Thesagro: |
Brachiaria Ruziziensis; Genoma; Pastagem. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/186953/1/920-apagar.pdf
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Marc: |
LEADER 02571nam a2200229 a 4500
001 2099953
005 2018-11-29
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
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245 $aA draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing.$h[electronic resource]
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520 $aABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses.
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700 1 $aSILVA JUNIOR, O. B. da
700 1 $aFERREIRA, M. E.
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 74 | |
| 2. |  | ROSA, A. J. de M.; FRAGOSO, R. da R. Análise genômica em bovinos. Grupo Cultivar, 30 mar. 2010. Publicado também em: Agronline, 31 mar. 2010; Campo e Criação, 31 mar. 2010; Araucária Genética Bovina, 01 abr. 2010; AgroRede Notícias, 01 abr. 2010; ZooNews, 05 abr. 2010; Portal Dia de Campo, 08 abr. 2010| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 7. | | FRAGOSO, R. da R.; NAKASU, E. Y. T.; ROCHA, T. L.; ROSA, A. J. de M. Genômica funcional. In: FALEIRO, F. G.; ANDRADE, S. R. M. de; REIS JUNIOR, F. B. dos. (Ed.). Biotecnologia: estado da arte e aplicações na agropecuária. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2011. 729 p. il. Color. p. 143-173| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | MAGNABOSCO, C. de U.; LOPES, F. B.; FRAGOSO, R. da R.; EIFERT, E. da C.; VALENTE, B. D.; ROSA, G. J. M.; GONZALEZ, R. D. S. Accuracy of genomic breeding values for meat tenderness in Polled Nellore cattle. Journal Animal Science, v. 94, p. 2752-2760, 2016. p. 2752-2760| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 14. | | MIRANDA, V. J.; FRAGOSO, R. da R.; VIANA, A. A. B.; OLIVEIRA NETO, O. B.; COELHO, R. R.; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de. Análise da expressão gênica da enzima de conjugação a ubiquitina (e2) em soja em resposta a estresse biótico. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | SILVA, K. N.; MELO, F. L.; ORÍLIO, A. F.; NAGATA, T.; SILVA, M. S.; FERNANDES, C. D.; FRAGOSO, R. da R.; DESSAUNE, S. N.; RESENDE, R. O. Biological and molecular characterization of a highly divergent johnsongrass mosaic virus isolate from Pennisetum purpureum. Archives of Virology, v. 161, n, 7, p. 1981-1986, July 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 16. | | CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F. R. da; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M. Caracterização do gene ácido cafeico-O-Methyl Transferase de Passiflora tenuifila. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 12., 2017, Campinas. Ciência de alimentos e seu impacto no mundo em transformação: trabalhos. Campinas: UNICAMP, 2017. Ref. 71321.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 17. | | MIRANDA, V. J.; VIANA, A. A. B.; OLIVEIRA NETO, O. B de; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de; FRAGOSO, R. da R. Codificador transcrito da enzima de conjugação a ubiquitina (E2) ativado em galhas de soja inoculada com Meloidogyne incognita. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 29., 2011, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Nematologia, 2011. p. 152-153.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | FALEIRO, F. G.; REIS JUNIOR, F. B. dos; FRAGOSO, R. da R.; CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, J. F. N.; OLIVEIRA, F. Biotecnologia, transgênicos e biossegurança: demandas para a pesquisa. In: FALEIRO, F. G.; FARIAS NETO, A. L. (Ed.). Savanas: demandas para pesquisa. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. 170 p. p. 92-103| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 19. | | CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F.; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M. Estudo da expressão do gene ACC Synthase em frutos de P. tenuifila. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 12., 2017, Campinas. Ciência de alimentos e seu impacto no mundo em transformação: trabalhos. Campinas: UNICAMP, 2017. Ref. 71408.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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